Hola Daniel, creo que yo tengo el mismo problema; en el ingreso de las facturas no me muestra la columna del iva por lo tanto en los informes de iva no me aparece. La solución que encontré media engorrosa y tirada de los pelos fue cargar las cuentas de "IVA cobrado" e "IVA pagado" que vienen por defecto y las agrego manualmente en las facturas y ahí funciona aunque es un poco trabajoso. Espero que brinden una solución pronto porque es un poco tedioso.
Saludos.